João Vaz é diplomado em Órgão pela ESML, sob a orientação de Antoine Sibertin-Blanc, e pelo Conservatório Superior de Música de Aragão, em Saragoça, onde estudou com José Luis González Uriol, como bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian.
É também doutorado em Música e Musicologia pela Universidade de Évora, tendo defendido, sob a orientação de Rui Vieira Nery, uma tese sobre a música portuguesa para órgão no final do Antigo Regime.
Tem mantido uma intensa actividade a nível internacional, quer como concertista, quer como docente em cursos de aperfeiçoamento organístico, ou membro de júri de concursos de interpretação. Efectuou mais de uma dezena de gravações discográficas a solo, salientando-se as efectuadas em órgãos históricos portugueses.
Lecciona actualmente órgão na ESML. É actualmente director artístico do Festival de Órgão da Madeira e das séries de concertos que se realizam nos seis órgãos da Basílica do Palácio Nacional dee Mafra (de cujo restauro foi consultor permanente) e no órgão histórico da Igreja de São Vicente de Fora, em Lisboa (instrumento cuja titularidade assumiu em 1997). Em 2017 foi agraciado com a Medalha de Honra do Município de Mafra.